由于蛋白質(zhì)具有顆粒大且不同蛋白質(zhì)分子大小不同等特性，因而全自動蛋白純化儀器可以依據(jù)蛋白質(zhì)分子大小不同而停止別離，這種別離辦法有透析、超濾、離心和凝膠過濾。在此其中凝膠過濾是依據(jù)分子大小別離蛋白質(zhì)混合物極為有效的辦法之一，也稱為分子排阻層析或分子篩層析。

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全自動蛋白純化儀器的凝膠過濾可以應用被分離物質(zhì)分子大小不同及固定相（凝膠）具有分子篩的特性，將被別離物質(zhì)各成分依照分子大小分開，從而到達別離的目的。在一些全自動蛋白純化儀器中，凝膠過濾層析法常與其他層析辦法配合著運用。

凝膠層析是全自動蛋白純化儀器利用分子篩作用對蛋白質(zhì)進行分離。凝膠是具有三維空間多孔網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)的物質(zhì)，經(jīng)過適當?shù)娜芤浩胶夂?，裝入層析柱。一種含有各種分子的樣品溶液緩慢地流經(jīng)凝膠層析柱時，大分子物質(zhì)不易進入凝膠顆粒的微孔，只能分布于顆粒之間，因此在全自動蛋白純化儀器洗脫時向下移動的速度較快，會先被洗脫。小分子物質(zhì)除了可在凝膠顆粒間隙中擴散外，還可以進入凝膠顆粒的微孔中，洗脫時向下移動的速度較慢，隨后被洗脫。因此，蛋白質(zhì)分子按分子大小被分離。

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凝膠過濾層析法用于全自動蛋白純化儀器的分離純化，具有操作條件溫和，適用于別離不穩(wěn)定的化合物的特性。且凝膠顆粒不帶電荷，不與被別離物質(zhì)發(fā)作反響，因而溶質(zhì)回收率接近100%，而且全自動蛋白純化儀器簡單、別離效果好、重現(xiàn)性強，凝膠柱還可以重復運用，所以該辦法被普遍應用于蛋白質(zhì)等大分子物質(zhì)非別離純化、分子質(zhì)量測定、脫鹽等實驗中。

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